Op 19 september 1626 kregen ingelanden van het Knotterpoldertje, het poldertje van Panhuysen, het Wesenpoldertje en het Hooipoldertje, allen gelegen achter het huis Cronesteyn tussen de Roomburgerwatering, de Malle- of Mollesloot, de Meerburgerwatering en de Vrouwenvaart tot aan de Lammebrug, toestemming van Rijnland om de poldertjes samen te voegen. De kaden werden aaneengesloten. Het onderhoud van sloten en kaden werd in 1628 volgens meting van Rijnlands landmeter J.P. Dou "verhoufslaagd" (over de ingelanden verdeeld).
In 1629 werd een reglement samengesteld. De polder heette toen: "Cronensteynspolder".
Vanwege stijgend buitenwater (boezem-wateren) moesten de kaden in 1660 opgehoogd worden. In dat jaar kreeg men ook de beschikking over een nieuwe molen, staande aan de Vrouwenvaart.
In 1665 werd de hofstede Cronestein ook in de polder opgenomen. De polder heette toen: "Knotters- ofte Kronesteynse polder".
Op de poldergrenskaart van 1859 staat de plattegrond van Cronestein mooi weergegeven, bij een soort uitstulping in de Roomburgerwatering [Rijn-Schiekanaal].
Bij de aanleg van de spoorlijn werd een deel van de polder afgesneden en moest de Mallesloot verlegd worden.
De laatste molenaar was Hendrik Vogelaar. Omdat hij wegens andere werkzaamheden vaak afwezig was, bemaalde zijn vrouw Johanna Merbis meestal de molen. Zij was afkomstig van één van de molens van de Benthuizer polder.
In 1931 werd besloten de molen af te breken en van de onderbouw van de molen een schuur te maken. De bemaling zou voortaan geschieden met een ruwoliemotor met schroefpomp.
De polder kwam in 1966 binnen Leids bestuur en werd ingericht als recreatiegebied met Polderpark Cronesteyn en bij het "Kruisherenklooster" een volkstuinencomplex.
De polder werd per 1 januari 1979 bestuurlijk opgenomen in het waterschap De Ommedijck.
Op de foto staat molenaar Vogelaar en zijn vrouw en kinderen voor het molenaarshuis bij de Knottermolen in 1922. De vrouw (3e van links) komt overeen met een portret van Johanna Vogelaar-Merbis, informatie van Bart Vermeulen
Afbeelding ca 1915, collectie DVM
Fundamenten zijn nog zichtbaar.
Foto E. Esselink, opname 13 juli 2003
De Kleine Cronesteinse - of Knotterpolder
Het schilderij van de molen is gemaakt door Joke Lem-Ravensbergen, kleindochter van Hendrik Vogelaar en Johanna Merbis.